El seguimiento y notificación de emisiones es el proceso por el cual las instalaciones afectadas realizan la estimación de las emisiones conforme a unos datos de actividad. En la Fase IV, la metodología queda establecida en el Reglamento de Ejecución (UE) 2018/2066 de la Comisión, de 19 de diciembre de 2018 y el Reglamento de Ejecución (UE) 2020/2085 de la Comisión de 14 de diciembre de 2020, que modifica el anterior. Dicha metodología debe aplicarse desde el 1 de enero de 2021.

En España, las competencias de seguimiento, notificación y verificación de las emisiones de GEI de las instalaciones recaen en las comunidades autónomas. Así, es el órgano competente de cada comunidad autónoma el responsable de aprobar, para cada instalación incluida en el RCDE UE en su territorio, un plan de seguimiento de emisiones que determinará cómo se estiman las emisiones de GEI. La instalación presentará anualmente a la comunidad autónoma un informa anual de emisiones (IAE), verificado por un verificador acreditado, basado en el plan de seguimiento mencionado.

Por su parte, las competencias de seguimiento, notificación y verificación de los niveles de actividad a efectos de asignación gratuita recaen en la Oficina Española de Cambio Climático. 

La acreditación de verificadores, en el caso de España, se lleva a cabo por parte de la Entidad Nacional de Acreditación (ENAC).